지방으로 이전하는 공공기관에 대한 주택 특별공급이 허용된다. 현재 공공기관 지방이전 정책에 따라 불가피하게 이전하는 기관 종사자에게 1회에 한해 1세대 1주택으로 특별공급 중이지만 직원들의 청약률이 낮고 다른 주거시설(오피스텔, 기숙사 등)은 부족해 이전시 혼란이 예상되고 있다.

또 이전기관인 법인이 주택을 공급받아 이전기관 종사자에게 제공하려 해도 미분양 주택외에는 공급규칙상 불허했다. 더구나 이전기관이 미분양 주택을 공급받으려 해도 대부분 혁신도시는 일반 청약률이 높아 미분양 물량이 거의 없다.

이에 국토교통부는 혁신도시로 이전하는 공공기관에 대한 주택특별공급을 허용하는 내용을 담은 '주택공급에 관한 규칙 개정안'을 입법예고 했다.

주요내용은 혁신도시 이전 공공기관에 한해 2015년 말까지 관사나 숙소로 사용토록 주택 특별공급(임대 또는 분양)을 허용하며, 현 특별공급 비율 70% 범위내에서 관할 시·도지사와 사업주체간 협의로 특별공급 여부를 결정하도록 했다. 관사는 기관 이전일부터 4년간만 운용이 가능하며, 숙소는 기간제한이 없다.