입 냄새의 원인은 매우 다양하다. 가장 많은 원인은 입 안에 살고 있는 세균이 음식물 찌꺼기를 분해하면서 냄새를 유발하는 것이다.

음식물 성분 중에서도 단백질 종류가 분해될 때 냄새가 심하게 난다. 입 안 점막 표면을 싸고 있는 정상 구강세포 속에는 단백질이 많기 때문에 구강 점막세포가 떨어져 나와 분해 될 때도 냄새가 날 수 있다. 입 냄새를 일으키는 병적인 질환으로 가장 흔한 원인은 치주질환과 감기 등의 상기도 감염이며, 위·식도 역류질환이나 인후두 역류질환도 원인이 될 수 있다. 그밖에 신장염, 당뇨, 간 질환이 있는 환자에서도 독특한 입 냄새가 날 수 있다.

입 냄새의 주범인 치주 질환은 보통 중년 환자에서 많이 발생하지만 치주염만 잘 치료해도 입 냄새가 호전되는 경우가 많다. 따라서 어릴 때부터 제대로 된 칫솔질을 하고 정기적으로 스케일링을 받는 것은 매우 중요한 예방법이다. 다음으로 흔한 원인은 감기 및 상기도 질환이다. 감기에 걸리면 코가 막혀 입으로 호흡을 하게 되는데 입이 마르게 되면 냄새가 난다.

더불어 콧물이 끈끈해지면서 목으로 넘어가는 경우 입 냄새가 쉽게 생길 수 있다. 코에서 분비되는 정상 콧물 속에는 단백질 성분이 있는데 입이나 목에 사는 세균이 이를 분해하면서 심한 악취가 날 수 있기 때문이며, 감기가 악화되어 부비동염(축농증)이 동반되는 경우 화농성 콧물이 발생해 더 심한 냄새가 생길 수 있다. 따라서 감기에 걸린 경우 충분한 양의 물을 섭취하는 것이 조기 회복과 함께 입 냄새를 줄이는데 도움을 줄 수 있다. 담배와 커피도 입 냄새의 주요 원인이다.

담배는 그 자체로도 냄새를 유발하지만 입 안을 마르게 하기 때문에 입 냄새가 악화된다. 정상적인 사람도 입 냄새가 아침에 나는 경우가 많이 있다. 이는 취침 전에 칫솔질을 하지 않았거나 했더라도 음식물 찌꺼기가 남았기 때문이다. 고령 환자들의 경우 특이 질환이 없음에도 입 냄새가 발생할 수 있는데 노화로 인해 침 분비량이 줄어 입안이 마르는 것이 주요한 이유이다.