양도소득세는 과세표준에 세율을 적용해 산출세액을 계산하는데, 이 때 '과세표준'은 양도차익에 장기보유특별공제 또는 양도소득기본공제를 제외하고 계산합니다. 일반적으로 1세대가 2주택 이상을 보유했다면, 이 '과세표준'이 가장 큰 주택을 2년 이상 보유하고, 가급적 가장 마지막에 양도하는 것이 이득입니다.

1세대가 2주택 이상을 보유한 경우 양도차익이 적고, 보유기간이 긴 주택을 먼저 양도하고, 양도소득 과세표준이 가장 큰 주택을 2년 이상 보유한 후에 가장 마지막에 양도하면 1세대 1주택 비과세(고가주택 제외)를 받을 수 있습니다.
　
양도소득 과세표준은 어떻게 계산되나요?

양도소득 과세표준은 양도가액에서 취득가액, 자본적 지출액 및 양도비 등을 차감하여 계산한 양도차익에서 장기보유특별공제 및 양도소득기본공제를 차감하여 계산합니다. 여기서 양도가액, 취득가액, 자본적지출액 및 양도비 등은 원칙적으로 실지거래가액에 따르도록 하고 있습니다.
　
취득 당시 금액을 확인할 수 없는 경우에는 어떻게 하나요?

장부, 매매계약서 및 영수증 그 밖의 증명서류에 의하여 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 및 기준시가의 추계방법을 순차로 적용해 산정할 수 있습니다.
　
3년 이상 보유하면 장기보유특별공제가 된다는데?

장기보유특별공제는 토지 및 건물로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 적용합니다. 종전에는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택에 대해서는 장기보유특별공제를 적용 하지 않았으나, 주택거래를 활성화하기 위해서 2012년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 것부터는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택에 대해서도 장기보유특별공제를 적용하도록 하고 있습니다.

따라서 1세대가 2주택 이상을 보유한 경우 양도 차익이 적고, 보유기간이 긴 주택을 먼저 양도하는 것이 유리할 것입니다.